Una miniCRISPR per fare grande l’editing

Struttura 3D della NanoCas (credit mammoth Biosciences)

Le istruzioni per le forbici genetiche di tipo NanoCas possono essere trasportate dentro a un unico virus raggiungendo agevolmente i tessuti più difficili da editare

Si tratta dell’ultimo strumento messo a punto dalla Mammoth Biosciences, la società biotech fondata da Jennifer Doudna, una delle due scienziate premiate con il Nobel per l’invenzione di CRISPR. I primi esperimenti fatti per dimostrarne il potenziale sono stati descritti su bioRxiv sotto forma di preprint, ovvero di bozza non sottoposta a revisione dei pari. Ma hanno immediatamente attirato l’attenzione della comunità scientifica e della rivista Science. Rispetto al modello standard di CRISPR, che usa l’enzima Cas9 originario del batterio Streptococcus pyogenes, questa nuova variante è miniaturizzata. Subito ribattezzata NanoCas, ha già dimostrato di poter lavorare bene dove la classica Cas9 fatica a spingersi, nei muscoli di topi e scimmie. [Continua su Osservatorio Terapie Avanzate]

L’intelligenza artificiale incontra CRISPR

Il machine-learning può arricchire la cassetta degli attrezzi biotecnologici progettando proteine mai viste in natura

OpenCRISPR, credit Profluent

L’evoluzione naturale ha avuto quattro miliardi di anni per sperimentare con la materia vivente. Ora anche l’intelligenza artificiale (AI) è stata messa al lavoro per ampliare il catalogo delle molecole possibili e desiderabili. I cosiddetti “sistemi linguistici” non servono più soltanto a produrre testi o immagini come nel caso di ChatGPT o Midjourney. Possono essere istruiti e impiegati per progettare nuove proteine, e dunque anche nuove forbici genetiche di tipo CRISPR. Il primo strumento inventato dall’AI per correggere il DNA ha debuttato la scorsa settimana su bioRxiv. Si chiama OpenCRISPR, è stato messo a punto da una company californiana (Profluent) ed è già a disposizione della comunità scientifica. Ma vale la pena notare che l’“open sourcing” riguarda lo strumento biotech, non il programma che l’ha generato.

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Le macromutazioni sono un problema anche per l’editing somatico?

Luigi Naldini, Direttore Istituto Telethon San Raffaele per la Terapia Genica, Milano

Ieri abbiamo dato notizia dei tre studi pre-pubblicati su biorxiv che evidenziano il rischio di “caos genetico” negli embrioni editati. Poiché anche Nature ha rilanciato l’allarme, abbiamo chiesto a Luigi Naldini, che è tra i massimi esperti internazionali di terapia genica, come interpreta quei dati e quanto lo preoccupano. Ecco cosa ci ha detto.

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I picchi di Twitter e i sentimenti per CRISPR

Gli entusiasmi della prima ora iniziano a raffreddarsi un pochino, a giudicare dalla prima analisi dei cinguettii su CRISPR che sono risuonati su Twitter negli ultimi anni. E fin qui non c’è niente di strano, un certo décalage anzi era prevedibile e fisiologico. Ma qualche sorpresa c’è, nello studio pubblicato da autori svizzeri su bioRxiv.

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Record: 13.000 refusi corretti con un colpo di CRISPR

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C’era una volta l’ingegneria genetica, che permetteva di modificare faticosamente un gene alla volta. Ora c’è l’editing genomico, e il laboratorio di George Church ha dimostrato di poter ottenere migliaia di mutazioni mirate in una singola cellula, con un colpo di CRISPR. L’impresa, descritta sul sito delle pre-pubblicazioni rapide bioRxiv dal gruppo dell’Università di Harvard è da Guiness dei primati e straccia il precedente record, stabilito quattro anni fa sempre da Church, sempre con CRISPR. Il balzo compiuto dal 2015 a oggi è strabiliante: siamo passati da 62 loci corretti simultaneamente, che sembravano già tantissimi, all’incredibile cifra di 13.200. Allora si trattava di un esperimento per ripulire il genoma dei maiali dai retrovirus dormienti, con l’obiettivo di trasformarli in donatori di organi sicuri per l’uomo. Quanto al nuovo exploit, potrebbe sembrare un virtuosismo fine a sé stesso ma questa forma di editing estremo potrebbe trovare in futuro delle applicazioni utili. (Continua sul sito dell’Osservatorio Terapie Avanzate)

E finalmente, il primo rettile CRISPR

CRISPR lizard 1

ASHLEY M. RASYS AND HANNAH C. SCHRIEVER

Mancavano i rettili, ora nella lista degli animali editati ci sono anche loro. Se CRISPR ha finalmente messo le squame lo dobbiamo ai ricercatori dell’Università della Georgia e alle loro lucertole anolidi. Douglas Menke e colleghi hanno ottenuto quattro piccoli albini, a partire da 146 uova di 21 lucertole. Non è stato facile, perché le femmine immagazzinano gli spermatozoi all’interno degli ovidotti per lunghi periodi, e questo complica la tempistica dell’editing. Il guscio che si forma nelle cellule uovo all’atto della fecondazione rappresenta un ulteriore ostacolo per l’ingresso di CRISPR. L’idea vincente è stata quella di anticipare l’operazione, introducendo il sistema di editing nelle uova immature non ancora fecondate. I ricercatori sono convinti che questo approccio funzionerà anche con i serpenti e altri tipi di rettili e a beneficiarne saranno la biologia evoluzionista e la genetica dello sviluppo. Per i dettagli, si veda il lavoro prepubblicato su bioRxiv.

CRISPR, ultima edizione

crispr-latest-edition[8047]Non passa giorno senza che CRISPR faccia notizia. Febbraio è iniziato con l’editing di cellule umane con mutazioni legate alla distrofia muscolare di Duchenne (Science Advances) e di topi affetti da retinite pigmentosa (bioRxiv, presto anche sul CRISPR Journal). Segnaliamo anche una notizia che ci era sfuggita a gennaio: come ottenere cellule staminali pluripotenti crispando un solo gene (Cell Stem Cell).

Il corpo umano attacca CRISPR. Possiamo rimediare?

MIT tech rev 5 Jan 2018“Ehi. CRISPR potrebbe non funzionare sulle persone”. Leggendo un titolo così sul sito della MIT Technology Review, con la firma di Antonio Regalado, i dolcetti della befana mi sono andati di traverso. Ma niente paura la notizia non è poi così brutta come sembra. Continua a leggere