L’intelligenza artificiale incontra CRISPR

Il machine-learning può arricchire la cassetta degli attrezzi biotecnologici progettando proteine mai viste in natura

OpenCRISPR, credit Profluent

L’evoluzione naturale ha avuto quattro miliardi di anni per sperimentare con la materia vivente. Ora anche l’intelligenza artificiale (AI) è stata messa al lavoro per ampliare il catalogo delle molecole possibili e desiderabili. I cosiddetti “sistemi linguistici” non servono più soltanto a produrre testi o immagini come nel caso di ChatGPT o Midjourney. Possono essere istruiti e impiegati per progettare nuove proteine, e dunque anche nuove forbici genetiche di tipo CRISPR. Il primo strumento inventato dall’AI per correggere il DNA ha debuttato la scorsa settimana su bioRxiv. Si chiama OpenCRISPR, è stato messo a punto da una company californiana (Profluent) ed è già a disposizione della comunità scientifica. Ma vale la pena notare che l’“open sourcing” riguarda lo strumento biotech, non il programma che l’ha generato.

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Resuscitare le specie estinte: a che punto siamo?

Beth Shapiro, responsabile scientifica della company Colossal Biosciences

I progetti per riportare geneticamente in vita i mammut e altri animali scomparsi hanno una posta in gioco scientifica che va ben oltre l’immaginario di Jurassic Park

Le tecnologie di base ci sono tutte, ma perfezionarle richiederà ancora un bel po’ di lavoro. Grazie a pionieri come il Nobel Svante Pääbo, dapprima abbiamo imparato a recuperare il DNA dei fossili, a riordinarne i frammenti consumati nel corso di secoli e millenni, e a confrontarli con le sequenze dei parenti più prossimi ancora in vita. Poi è arrivata la tecnica di editing genetico CRISPR, anch’essa premiata con il Nobel: usandola possiamo prendere un genoma moderno simile a quello estinto e modificarlo, introducendo mutazioni arcaiche, caratteristiche dell’animale da “resuscitare”. Un altro importante tassello è stato sistemato il mese scorso dalla Colossal Biosciences, la company che da appena tre anni è impegnata a pieno ritmo a trasformare la de-estinzione in realtà.

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La danza di CRISPR in scena al MIT Museum

The Choreography of CRISPR è un’intricata danza del DNA, con avvolgimenti e scioglimenti di spirali, torsioni, tagli e inserimenti, ripetizioni, palindromi e cluster. Ispirata ai meccanismi dell’editing genomico, commissionata dall’MIT Museum, ideata da Gabrielle Lamb su musica originale di James Budinich, eseguita dal gruppo newyorchese di danza contemporanea Pigeonwing Dance. Tutti coloro che non saranno a Cambridge, nel Massachusetts, per la prossima performance dal vivo che si terrà il 16 marzo, possono gustare un minuto della première sulla pagina Facebook della compagnia).

Tippi MacKenzie, la pioniera dell’editing fetale

Festeggiamo l’8 marzo raccontando una grande scienziata dell’universo CRISPR (e non solo). Se intervenire dopo la nascita è troppo tardi (perché i danni di alcune malattie sono già diventati permanenti), e se intervenire sugli embrioni è troppo rischioso (perché la correzione genetica diventerebbe ereditabile), esiste una terza possibilità: provare a unire chirurgia fetale ed editing facendo correzioni genetiche in utero. Tippi MacKenzie è la pioniera di questa frontiera, e io ne ho scritto per Osservatorio Terapie Avanzate.

La paziente-pioniera nel pantheon della medicina

Victoria Gray è il volto simbolo della prima terapia a base di CRISPR, approvata anche in Europa, e con la sua storia sta ispirando malati e ricercatori.

In un certo senso i veri pionieri non sono gli scienziati ma loro, i primi pazienti delle terapie sperimentali. Si cimentano con qualcosa di mai provato, aprendo un varco per tutti gli altri. Spesso e volentieri diventano ambasciatori dell’innovazione biomedica, simboli di coraggio e speranza. Prendiamo ad esempio Victoria Gray, la donna afroamericana malata di anemia falciforme che è diventata la prima paziente trattata negli Usa con la prima terapia a base di CRISPR. Dovrebbe entrare “nel pantheon dei nomi scritti a lettere d’oro nella storia della medicina”, sostiene Fyodor Urnov, il genetista che ha inventato l’espressione editing genetico.  Il CRISPR Journal ha preso l’inusuale decisione di pubblicare la foto sorridente di Gray sulla copertina dell’ultimo numero, quello di febbraio, lo stesso mese in cui è arrivato anche il via libera dell’Europa.

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Prima notifica CRISPR in Italia!

Congratulazioni a Vittoria Brambilla dell’Università di Milano per il suo riso resistente al brusone, la prima pianta editata che si candida alla sperimentazione in campo nel nostro paese (ne ho scritto su Nature Italy)

Creato con NightCafe su input di Anna Meldolesi

Un premio al genoma oscuro

Il Premio Giornalistico Categoria Stampa e Web è stato assegnato quest’anno ad Anna Meldolesi per l’ampio approfondimento “Fare luce sul genoma oscuro” pubblicato su Le Scienze. Negli articoli che lo compongono viene raccontato lo sforzo in corso per scoprire la funzione dei tanti geni che costituiscono il “dark genome”, nella speranza di individuare nuovi bersagli terapeutici. La giornalista è stata accompagnata sul palco dal Direttore di Le Scienze, Marco Cattaneo. Ad assegnare il Premio ad Anna Meldolesi è stata Anna Maria Zaccheddu, divulgatrice scientifica dell’Ufficio Comunicazione della Fondazione Telethon, membro della Giuria. La Fondazione Telethon è tra i promotori del Premio fin dalla prima edizione.