
Forse vi è capitato di imbattervi in una news di Science pubblicata la scorsa settimana con una certa enfasi. Titolo: “Scienziati sbalorditi dal ‘modo fondamentalmente nuovo’ in cui la vita produce il DNA”. Sottotitolo: “Un sistema di difesa batterico appena scoperto mette in discussione il dogma centrale del codice genetico”. Per come l’ha spiegata il reporter Richard Stone (che di solito non copre la biologia molecolare, ma fa inchieste sul campo in paesi difficili), sembra che sia stato trovato un enzima batterico (DRT3b) capace di sintetizzare il DNA in modo diverso dal solito. Usando la struttura chimica dei suoi aminoacidi come calco, al posto di uno stampo genomico.
Prima di lasciar correre la fantasia immaginando chissà quali impieghi nella biologia di sintesi, però, è utile dare un’occhiata al paper, pubblicato anch’esso su Science. Sin dal titolo (“Protein-templated synthesis of dinucleotide repeat DNA by an antiphage reverse transcriptase”) si capisce che alla news mancava un dettaglio fondamentale: tutto ciò che l’enzima fa è assemblare due lettere (AC) e ripetere soltanto quelle. Intendiamoci il fenomeno è intrigante e la scoperta del gruppo di Stanford guidato da Alex Gao meritevole di attenzione, ma il modo in cui sono stati presentati può trarre in inganno.
Insomma viva lo studio dei microbi, che continuano a stupirci con i loro armamentari molecolari, viva la competizione tra batteri e virus che è alla base dell’evoluzione di CRISPR e di altre meraviglie, e viva pure il nuovo arrivato DRT3b che sembra si sia evoluto proprio in chiave difensiva, anche se la dinamica con cui blocca i fagi (ovvero i virus che attaccano i batteri) non è ancora chiara. Qui, comunque, non ci sono dogmi infranti, innanzitutto perché il dogma centrale del DNA, ormai, è più che altro un artificio retorico (sostiene che il flusso dell’informazione segue lo schema DNA –> RNA –> proteine, ma quante cose sa fare l’RNA oltre al messaggero!).
E poi perché esistono altri casi noti di molecole specializzate capaci di aggiungere qualche lettera a una sequenza di nucleotidi, come ha notato Nikolai Slavov della Northeastern University, commentando la notizia. “Non si tratta di una proteina che ‘legge’ se stessa per creare un messaggio complesso, bensì di un vincolo strutturale altamente specializzato. La proteina è essenzialmente una macchina ‘balbettante’, fisicamente programmata per produrre una sequenza semplice e ripetitiva. L”informazione’ è codificata in modo rigido nella piega della proteina per svolgere un unico, specifico compito difensivo, piuttosto che agire come modello generico per diversi messaggi genetici”.
In definitiva la vita (almeno quella che conosciamo) continua a sintetizzare il DNA usando uno stampo complementare di DNA, con l’elegante meccanismo a cui alludono Watson e Crick nello storico lavoro sulla doppia elica (“Non è sfuggito alla nostra attenzione che lo specifico appaiamento che abbiamo postulato suggerisce immediatamente un possibile meccanismo di copiatura del materiale genetico”). Certo, nel caso dei retrovirus come l’Hiv, lo stampo è costituito da RNA anziché di DNA, ma sempre di un acido nucleico si tratta.